芦之湯 4.8km
小涌園前 9.0km
大平台 13.4km
函嶺洞門 17.0km
小田原中継所 20.8km
6区と言えば山下りコースですが、芦之湯定点は国道1号線最高点付近、全体的に上り基調でスタートします。
5km以降の強烈な下りでは、1km2分30秒台でランナーたちが駆け抜けています。
ラスト3kmはフラット気味なコースですが、下ってきたランナーたちにとっては強烈な上りを走らされているようなもの。ここのラストでも大きな順位変動が起き得る区間です。
往路の5区同様、持ちタイムのみに左右されない山下りの名手とも呼ぶべき選手が、毎年のように現れる箱根路ならでの特殊区間です。近年の記録の水準が大きく上がるとともに、特に上位校の中では差が付きづらい区間でもあります。他方、5区と並んでノウハウの少ない新設校が苦戦しやすい区間、すなわち上位進出への登竜門と言えるかもしれません。